A comunidade de invertebrados bentônicos apresenta uma elevada riqueza taxonômica, incluindo protozoários,vermes pertencentes a diversos filos, crustáceos, moluscos e insetos (adultos e imaturos), entre outros. Devido à sua grande diversidade de espécies, a comunidade macrobentônica apresenta diversas formas e modos de vida, adaptando-se ao hábitat local, os quais podem ser: fundos de corredeiras, riachos, rios, lagoas e represas.

Sabe-se que a cada dia os ambientes aquáticos vem sofrendo abusos quanto a forma que estão 

sendo utilizados. Aliados aos parametros fisicos e quimicos, utiliza-se o biológico entre eles os macroinvertebrados bentônicos que não caracterizam o ambiente apenas no momento da coleta mas também podem dar um parametro de anos.

Mudanças significativas nas comunidades biológicas ocorrem associadas às intensas 

atividades de urbanização nas bacias hidrográficas (ALLAN, 2004), reduzindo drasticamente 

a densidade e diversidade de espécies aquáticas, como as de organismos bentônicos. 

Tornando-se necessário aumentar as discussões relacionadas a estudos limnológicos nas bacias. 

 Diante disso tem-se observado que os estudos relacionados à qualidade das águas envolvem além dos parâmetros físicos e químicos, a  associação deles com os parâmetros biológicos, e para isso o uso de macroinvertebrados bentônicos como bioindicadores tem sido amplamente discutido, por serem organismos sensíveis a diferentes ambientes, eutrofizados ou não, favorecendo na obtenção de respostas do ecossistema aquático avaliado. 

O uso de indicadores de qualidade de água consiste  no emprego de variáveis que se correlacionam com as alterações ocorridas na microbacia, sejam estas de origens antrópicas 

ou naturais (TOLEDO & NICOLELLA et al., 2002). A interferência antrópica nos ambientes lóticos próximos às áreas urbanas, podem ser um fator importante que afeta a biota do rio. Estes fatores podem impactar a fauna aquática diretamente, por meio de mudanças específicas nos habitats, ou através da redução temporária na disponibilidade alimentar e de alteração em outras variáveis ambientais (MOREYRA & 

FONSECA, 2007). O primeiro passo para a compreensão de como a comunidade da macrofauna bentônica está reagindo à alteração da qualidade de água, é identificando quais variáveis físicas, químicas ou biológicas estão afetando os organismos (TATE & HEINY,1995)

Materias e metódos você pode conferir em http://www.cnpma.embrapa.br/download/comunicado_19.pdf 

onde mostra um protocolo de coleta e preparo de material.